ELIXIR-CZ poskytuje podporu v boji s pandemií SARS-CoV-2 / Covid-19

ELIXIR-CZ (Česká národní infrastruktura pro biologická data) poskytuje výzkumnou infrastrukturu pro ukládání, zpracování a analýzu dat v oblasti dat o živé přírodě. Stejně jako ostatní vědecká pracoviště, i ELIXIR-CZ nabízí svou odbornou podporu, služby a expertízu v boji proti koronaviru SARS-CoV-2. Pro zpřehlednění relevantních témat zprovoznil ELIXIR-CZ webovou stránku věnovanou Covid-19, na které může odborná i laická veřejnost nalézt informace o aktivitách spojených s bojem proti Covid-19.

Na webových stránkách ELIXIR-CZ lze nalézt doporučení k ukládání a sdílení dat, informace o přístupech k relevantním datům; dále poté ELIXIR-CZ nabízí specificky při řešení problematiky věnované datovým souborům s tématikou Covid-19 i pomoc při nastavení FAIR principů (tj., aby uložená data byla snadno dohledatelná, přístupná, interoperabilní a znovupoužitelná), jakožto i speciální softwarové a analytické nástroje a výpočetní prostředky, které pomohou analyzovat datové sety. V neposlední řadě ELIXIR-CZ sdružuje experty, kteří společně pracují na tématech věnovaných problematice onemocnění Covid-19.

ELIXIR-CZ nabídl své služby při vytváření epidemiologického modelu pandemie Ústavu zdravotnických informací a statistiky ČR a zároveň s pomocí partnerských organizací sdružených v rámci celoevropské sítě ELIXIR (European Life-Science Infrastructure for Biological Information) zformuloval požadavky na dostupnost relevantních dat pro vytváření takového modelu.

ELIXIR-CZ se aktivně zapojil i do výzkumného týmu pod záštitou IDEA při CERGE-EI (Center for Economic Research and Graduate Education – Economics Institute) a podílí se na modelování epidemiologické situace v ČR. Přispívá vyhledáváním a porovnáváním relevantních zdrojů a vědecké literatury a zejména získáváním příkladů dobré praxe od ostatních členů celoevropské sítě ELIXIR, jimiž jsou např. Estonsko, Dánsko či Švýcarsko.

ELIXIR-CZ zároveň vstoupil do spolupráce s testovacím centrem při Univerzitě Palackého v Olomouci, jejíž součástí je i velká výzkumná infrastruktura EATRIS-CZ (Český národní uzel Evropské infrastruktury pro translační medicínu), jakožto člen celoevropské sítě EATRIS ERIC (European Advanced Translational Research Infrastructure in Medicine), a nabídl výpočetní kapacity i architekturu pro zajištění zpracování velkého množství dat spojeného s testováním. Pomoc spočívá v rozšíření výpočetních kapacit serverů pro zpracování dat a rozšíření úložišťové kapacity centra, které pracuje s citlivými daty.

ELIXIR-CZ i nadále koordinuje napojení na vědecké portály celoevropské sítě ELIXIR, především v oblasti vyhledávání ověřených technologií pro testování na onemocnění Covid-19 a co se týká zprostředkování kontaktů s testovacími pracovišti.

ELIXIR-CZ – Česká národní infrastruktura pro biologická data