ČR jako členský stát mezinárodních výzkumných infrastruktur v reakci na SARS-CoV-2 / Covid-19

Epidemie nového druhu koronaviru SARS-CoV-2 a jím způsobeného onemocnění Covid-19 vyvolala po celém světě zdravotní, sociální a ekonomické dopady v posledních desetiletích zcela bezprecedentního rozměru. Opatření zmírňující okamžité dopady této pandemie, jakož i reakce přinášející efektivní řešení výzev touto pandemií vyvolaných, musí být nutně znalostní povahy, tj. založená na datech a poznatcích z těchto dat vyplývajících. Jednu ze stěžejních rolí v tomto kontextu hrají výzkumné infrastruktury, jež vědecké komunitě zpřístupňují nejpokročilejší znalostí, technologické a datové zdroje, které účinný boj se SARS-CoV-2 / Covid-19 vyžadují. Výrazný multiplikační efekt přitom přináší výzkumné infrastruktury mezinárodního rozsahu, charakteru a významu, jež v rámci svých kapacit koncentrují kritické množství zdrojů pro realizaci nejnáročnějších vědeckých experimentů a studií, a tyto zdroje zároveň zpřístupňují svým uživatelům na nadnárodní úrovni umožňující rozsáhlé mezinárodní kolaborace.

ČR, jakožto členský stát řady mezinárodních výzkumných infrastruktur, je integrální součástí úsilí, které je celosvětovou výzkumnou komunitou v reakci na pandemii SARS-CoV-2 / Covid-19 rozvíjeno. Ať už se jedná o mezinárodní organizace výzkumu, vývoje a inovací, ustavené na základě mezinárodního práva veřejného, tak o konsorcia evropských výzkumných infrastruktur, založená podle právního rámce EU, ČR vystupuje ve střetu se SARS-CoV-2 / Covid-19 jako aktivní člen vedoucích světových laboratoří. Níže uvedená zařízení poskytují svým uživatelským komunitám svá rozsáhlá experimentální a datová zázemí na bázi otevřeného přístupu, přičemž v nynější situaci, žádající si urychlená znalostní řešení, velmi často i na základě preferenčního přístupu, upřednostňujícího provádění studií souvisejících s pandemií SARS-CoV-2 / Covid-19 před výzkumnými pracemi ostatní povahy.

EATRIS-CZ – Český národní uzel Evropské infrastruktury pro translační medicínu

EATRIS ERIC (European Advanced Translational Research Infrastructure in Medicine) a jeho členové včetně EATRIS-CZ (Český národní uzel Evropské infrastruktury pro translační medicínu), poskytují výzkumně-infrastrukturní zázemí k vývoji léčiv, vakcín a diagnostik, a to až k úrovním tzv. „prvního podání u člověka“ a jejich klinickému ověření „proof-of-concept“. EATRIS ERIC je partnerem v rámci projektu TRANSVAC-2 financovaného EU, který urychluje vývoj vakcín proti SARS-CoV-2.

ECRIN-ERIC (European Clinical Research Infrastructure Network) ve spolupráci se svými národními partnery, mezi které náleží také CZECRIN (Český národní uzel Evropské sítě infrastruktur klinického výzkumu), ustavil pracovní skupinu COVID-19, jež se věnuje zrychlenému postupu pro poskytování služeb v oblasti klinických studií souvisejících s onemocněním Covid-19.

BBMRI-ERIC (Biobanks and Biomolecular Resources Research Infrastructure Consortium) a členské národní uzly, včetně BBMRI-CZ (Banka klinických vzorků), poskytují specifické informace o zdrojích, které mohou zpřístupnit vědcům z akademického prostředí i ze soukromého sektoru pracujícím na vývoji vakcín a léčiv SARS-CoV-2 / Covid-19. Síť více než 600 bio-bank sdružených v rámci BBMRI-ERIC poskytuje vědcům v tomto ohledu naprosto klíčové služby.

EATRIS ERIC, ECRIN-ERIC a BBMRI-ERIC ustavily společnou platformu COVID-19 Fast Response Service, jako vzájemně koordinovanou proceduru pro výzkumné pracovníky k získání urychleného přístupu k akademickým zařízením, službám a zdrojům těchto tří výzkumných infrastruktur, které spolupracují i pod záštitou aliance AMRI (Alliance of Medical Research Infrastructures).

CZECRIN – Český národní uzel Evropské sítě infrastruktur klinického výzkumu

EU-OPENSCREEN ERIC (European Infrastructure of Open Screening Platforms for Chemical Biology) se aktivně podílí na řadě aktivit zaměřených na studium koronaviru SARS-CoV-2, identifikaci léčiv onemocnění Covid-19 a vývoje diagnostiky. EU-OPENSCREEN ERIC a Evropská chemicko‑biologická databáze, provozovaná CZ‑OPENSCREEN (Národní infrastruktura pro chemickou biologii), jsou pak i partnery návrhu projektu EUROCOVID k podpoře z rámcového programu Horizontu 2020.

Euro-BioImaging ERIC (European Research Infrastructure for Imaging Technologies in Biological and Biomedical Sciences) a její český uzel Czech-BioImaging (Národní infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování) poskytují zobrazovací technologie k realizaci biologického a lékařského výzkumu. Podrobné informace o službách poskytovaných v reakci na pandemii onemocnění Covid-19 zveřejnil Euro-BioImaging ERIC na vyhrazené webové stránce.

Instruct-ERIC (Integrated Structural Biology European Research Infrastructure Consortium), jehož součástí je rovněž CIISB (Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii), zveřejnil katalog instrumentace podporující výzkum SARS-CoV-2 / Covid-19. Řada služeb Instruct-ERIC je dostupná přes vzdálený přístup bez nutnosti doručit vzorky k analýze osobně. Bližší informace jsou k dispozici na webovém portálu Instruct-ERIC Covid-19 Resource Centre.

ELIXIR (European Life-Science Infrastructure for Biological Information), jehož českým partnerem je ELIXIR-CZ (Česká národní infrastruktura pro biologická data) v souvislosti s pandemií SARS-CoV-2 ustavil informační webovou stránku o podporovaných servisech. Případné související dotazy lze adresovat na lauer@elixir-europe.org.

CIISB – Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii

EMBL (European Molecular Biology Laboratory) již od prosince 2019 shromažďuje a zpracovává data týkající se viru SARS-CoV-2. Přes svoji bio-informatickou pobočku EMBL-EBI, která je zároveň největším evropským úložištěm molekulárně-biologických dat, pak EMBL vytvořila specializovanou webovou stránku, která pomáhá ukládat a sdílet data o viru SARS-CoV-2 do dalších molekulárních databází. Vědci mohou získat podporu před odesláním svých dat na virus-dataflow@ebi.ac.uk. Jakékoliv dotazy týkající se tohoto tématu lze adresovat na contact@virusresource.embl.org.

CERN (European Organisation for Nuclear Research) ustanovila zvláštní pracovní výbor posuzující možnosti využití technologií a kompetencí CERN ke globálnímu úsilí v boji s Covid-19. Návrhy pro tuto skupinu mohou být zasílány na adresu covid@cern.ch. Další informace jsou dostupné na webových stránkách CERN.

ESA (European Space Agency) vyhlásila 2 nové iniciativy zaměřené na porozumění dopadů nemoci Covid-19 na společnost, ekonomiku a životní prostředí. Jedna z nových výzev je součástí elementu „Věda pro společnost“ programu ESA na pozorování Země. Kromě této výzvy ESA ve spolupráci s Evropskou komisí spustila i zvláštní díl soutěže “Custom Script Contest”, zaměřené převážně na využití dat z družic Sentinel. Soutěž je zaměřena pro experty v oblasti dálkového průzkumu Země, strojového učení i odbornou veřejnost, jež mohou předkládat návrhy, jak by družicová data mohla přispět ke zmírnění dopadů pandemie v ekonomických sektorech, jakými jsou průmysl, obchod, doprava či zemědělství, ale je otevřena rovněž pro jiné nápady. Vzdělávací sekce ESA spustila portál Expedice: Doma, jež má dětem a rodičům pomoci s domácím učením a se zábavou s využitím témat z kosmonautiky.

CESSDA ERIC (Consortium of European Social Science Data Archives), ve kterém je ČR zastoupena skrze CSDA (Český sociálněvědní datový archiv), podporuje Průzkum pracovního života CORONA, organizovaný Nadací WageIndicator. Průzkum se věnuje mapování změn životních a pracovních podmínek vyvolaných pandemií v 110 zemích světa. CLARIN ERIC (Common Language Resources and Technology Infrastructure), jehož se v roli českého uzlu účastní LINDAT/CLARIAH-CZ (Digitální výzkumná infrastruktura pro jazykové technologie, umění a humanitní vědy), pak poskytuje nadaci Wagelndicator pro tento průzkum hostitelskou platformu.

EMBL – Evropská laboratoř molekulární biologie